Devi usare il comando ESEUTIL per effettuare la compattazione (meglio detta "deframmentazione" del db)

vedi qui:
http://www.msexchange.org/tutorials/...G-ESEUTIL.html
http://support.microsoft.com/kb/192185/it


Fai attenzione che è una cosa che si effettua "smontando" lo store di Exchange quindi non puoi effettuarla online, devi prevedere un fermo (prevedi almeno un paio d'ore per il tuo DB)