Lo SCRIPT che hai postato dovresti averlo inserito nel BODY nel punto dove vuoi che appaia (per intenderci, NON nella HEAD).
Esso fa riferimento ad un new Array(); che suppongo sia stato compilato secondo norma (dall' esempio si potrebbe rilevare la mancanza di parentesi) nella forma:

ejs_banimageUrl=new Array('imageUrl00.jpg', 'imageUrl01.jpg', 'imageUrl02.jpg', 'imageUrl03.jpg');

o nella forma:


ejs_banimageUrl=new Array(); // vuole le parentesi ()

ejs_banimageUrl[0] = 'imageUrl00.jpg';
ejs_banimageUrl[1] = 'imageUrl01.jpg';
ejs_banimageUrl[2] = 'imageUrl02.jpg';
ejs_banimageUrl[3] = 'imageUrl03.jpg';


con ' apostrofi o " apici.
Gli Array (c'è anche quello ejs_banurl = new Array(); per l' HREF / window.open) puoi tenerli nello stesso SCRIPT nel BODY, o trasferirli nella HEAD ovviamante tra i Tag :

<script type="text/javascript">

</script>


Questa premessa, che semmai resterà di utilità generale, è per capire se lo script di partenza ti funziona o meno; mi associo infatti all' interrogativo lasciato da br1.

Per poi ottenere la sospensione dell' esibizione al passaggio del mouse onMouseOver, direi di arrestare momentaneamente il TIMER; questo si può fare con
clearTimeout() che però ha bisogno di un identificativo del TIMER che deve fermare.
Quindi si può fare:

TT = setTimeout("AffichePub()",5000);

e poi nel Tag IMG che è nel document.write ci mettiamo:

onmouseover="clearTimeout(TT);" onmouseout="TT = setTimeout('AffichePub()',5000);"


SAPPICI DIRE QUALCOSA DI PIÙ; lo SCRIPT è interessante anche per altri, avevo notato richieste di simili recentemente.