- Salvi il valore in un campo (es. hidden) di una form e poi fai il submit.
- Utilizzi location.href per richiamare uno script PHP che contiene la chiamata alla funzione e gli passi tramite query string quel valore.
- Crei in javascript un "finto" tag IMG e usi il suo attributo SRC per passare il valore ad uno script PHP.
- Utilizzi un codice Ajax per interagire con uno script PHP lato server.

Probabilmente esistono anche altre soluzioni che ora non mi vengono in mente.