E' un problema abbastanza particolare, che a prima vista ti direi che non è convenzionalmente risolvibile. Per quanto mi riguarda l'ho risolto usando le sessioni in php, così una volta effettuato il primo login posso evitare di passare ogni volta i dati di login alla pagina, cosa che oltre ad essere scomoda, è rischiosa da fare anche in POST.
Nel caso proposto sono abbastanza sicuro (non al 100%) del fatto che non sia possibile passare variabili in post usando il codice per aprire la popup e immagino che tu sia arrivato alla stessa conclusione, visto che ha testato la cosa con il LoadVars che però apre una nuova finestra e non una popup.
Una possibilità potrebbe esserci se utilizzando il LoadVars richiamassi una pagina (anche solo con sendAndLoad che attiva del codice js da una pagina php (che rimarrebbe nascosta) e a cui lui stesso invia la variabile in questione (anche se probabilmente sarebbe solo un passaggio in più con lo stesso problema).