Suppongo che tu abbia una tabella dove sono salvate le url dei link e che ognuno di essi abbia un id univoco.

Se questa supposizione è corretta possiamo fare il seguente ragionamento:

crei una nuova tabella, "link_click" per esempio, composta dai campi click_id, link_id, date, ed eventualmente di tutte le altre informazioni che desideri. Ad ogni click un nuovo record viene inserito nella tabella.

Poniamo il caso che per il link id 10 tu abbia 20 record nella tabella "link_click" ( ovvero 20 record il cui valore per il campo link_id è uguale a 10 ), come fai a sapere quante volte è stato cliccato? Semplice, effettui una query count ( che ti restituirà 20 ).

Chiaro adesso?
Ciao