in questo pezzo di codice:

codice:
elsif(($$glimm{"nn_ini"}!=$$ncbi{"nn_ini"})&&($$glimm{"nn_fin"}!=$$ncbi{"nn_fin"})){
print ">",$$glimm{"nn_ini"},";",$$glimm{"nn_fin"},"\n",$$glimm{"seq"},"\n";
next;
}
dopo il print manca l'indicazione del filehandle, per cui i risultati di questa opzione non vengono scritti sul file.