Personalmente preferisco fare le cose bene subito piuttosto che doverle sistemare più in la.

Ad ogni modo, str_replace gestisce perfettamente gli spazi.

Codice PHP:
<?php 
$str_query 
'SELECT * FROM table, WHERE 1 = 1';
$str_query str_replace(', WHERE'' WHERE'$str_query); 
print(
$str_query);
?>