Personalmente preferisco fare le cose bene subito piuttosto che doverle sistemare più in la.
Ad ogni modo, str_replace gestisce perfettamente gli spazi.
Codice PHP:
<?php
$str_query = 'SELECT * FROM table, WHERE 1 = 1';
$str_query = str_replace(', WHERE', ' WHERE', $str_query);
print($str_query);
?>