Impossibile rispondere senza vedere la pagina. Se non risolvi prima, posta il link.

Comunque di solito questi problemi sono dovuti ad errori nei file: forse hai un link sbagliato nel <link> o quando richiami il CSS;
oppure hai fatto l'upload nella modalita` errata (senza preservare alcuni caratteri presenti nei file).

Prova a visualizzare il file che arriva nel brwoser dopo il caricamento sul server (click destro > visualizza sorgente) e vedi se e` effettivamente uguale a quello che avevi caricato.