i moduli e plugin sono fondamentali per joomla come tutti i siti, se devi modificare lo scheletro del sito e vai nel codice sorgente del template ricordati di richiamare i moduli. E' come se scrivi index di un sito in php solo che i moduli sono scritti e testati da altri e funzionano con uno scheletro che nel 90% dei casi è approvato dal w3c. Il bello del CMS alla fine secondo me è che ti snellisce molto il lavoro. Quindi devi solo ragionare come se lo stai scrivendo tu il sito solo che devi seguire le procedure che in questo caso ti dice joomla.