Ok ho modificato
// esecuzione prima query
$sql='SELECT COUNT(vino_id) FROM vino';

in

// esecuzione prima query
$sql='SELECT COUNT(vino_id) FROM vino INNER JOIN regioni ON vino.vino_idregione=regioni.idregione WHERE '.$where;

Adesso il conteggio delle pagine me lo fa correttamente, rimane il problema che pasando alla pagina successiva non vedo niente..idee please? grazie