Scrivi così

codice:
   while(1)
   {
      fread(&curr, sizeof(char),1,file1);
      if(feof(file1)) break;
      fwrite(&curr, sizeof(char),1,file3);

      fread(&curr, sizeof(char),1,file2);
      if(feof(file2)) break;
      fwrite(&curr, sizeof(char), 1, file3);
   }
... capirai da solo il perche' ...