Prima di fare "$connect = @fopen($file, "a");" puoi verificare se il file esiste già e nel caso mostrare il messaggio di errore ed interrompi lo script.

Codice PHP:

if (file_exists("$cliente-$riferimento.html")){
    
//Mostra errore
    
echo "Il file esiste già";
}else{
    
$file "$cliente-$riferimento.html";
    
$connect = @fopen($file"a");
    
fputs($connect$html"4096");
    
fclose($connect);