grazie Dragon, avevo già provato con

if (file_exists("$cliente-$riferimento.html")){
//Mostra errore
echo "Il file esiste già";
}else{
$file = "$cliente-$riferimento.html";
$connect = @fopen($file, "a");
fputs($connect, $html, "4096");
fclose($connect);
}

ma lo sovrascrive ugalmente, (molto strano). ci sarà qualche altro tipo di errore ma lo script è molto semplice non saprei. Avete altre risorse? avevo gia guardato il manuale consgliato da Filippo ma forse mi sfugge qualcosa.