Se utilizzi RegistryBooster per pulire il registro, può esserci in effetti qualche opzione attivata che rimuova i Segnalibri di Firefox...
Suggerisco di provare Ccleaner per la pulizia del registro, che non mi risulta disponga della cancellazione Segnalibri/Preferiti (quindi vai sul sicuro).
Prima di avviare la pulizia registro, controlla in ogni caso le voci attive selezionate: una volta impostato a dovere, è il migliore software in circolazione per pulire il registro con sicurezza!