Mi pare di capire che utilizzi pagine php .

Se non erro in windows puoi togliere i privilegi di accesso (ASP o NETWORK) dalle cartelle che non vuoi che vengano visualizzate via web.

Oppure potresti creare un file di controllo (in php) in quella sotto cartella.

Infine mi viene da pensare: ma se usi php,perchè non installare XAMPP/ apache e utilizzare .htaccess ?