Forse ho capito!

Il resto del sito usa mod_rewrite per reindirizzare tutte le pagine su index.php (che chiama session_save_path con /nomecartella). Questi files che davano problemi, invece, sono esclusi da mod_rewrite.

Forse quindi siccome mod_rewrite setta una directory di base il percorso /nomecartella viene inteso come relativo alla document root. E' possibile che sia questo il problema?