Perdona, ma hai dato troppo poche informazioni...

Per esempio, hai linkato il sito, ma non ci hai detto QUALE sia questa div che si posiziona male...

Comunque, prima di tutto per essere tranquillo che il problema non sia causato da altro, devi prima di tutto fare si che il tuo codice XHTML e css sia perfettamente valido; questo non perchè io sia un purista (anche s eun po' lo sono) ma perchè ci sono molti strani bug che vengono attivat quando il browser passa in modalità quirks, e dargli del sorgente non valido è un invito a farlo...