Di solito il primo problema si risolve se non usi la trasparenza dei filmati flash, ovvero se imposti il flash perchè sia completamente opaco rispetto allo sfondo su cui si trova, mentre il secondo è un difetto noto di alcuni browser, la cui unica soluzione, se non ricordo male, è un javascript apposito che nasconde le select nel momento in cui si vede ciò che vi è sovrapposto.