Io ho sempre visto div che seguono lo scroll, credo che sia dovuto al fatto che quando apri una popup questa recepisce il focus e va (normalmente in primo piano [sopra alla pagina madre]) ma se click nel documento della pagina madre, o sullo scroll (che fa comunque parte della pagina madre) la popup si ridimensiona e va nella barra in fondo (ridotta a icona), e solo richiamandola si riapre, anche mantenendo forzatamente la popup in primo piano (cosa impossibile con i nuovi browser) non riusciresti poi a muovere lo scroll della pagina madre.
L'unica soluzione è usare un div che carichi i contenuti in un iframe oppure tramite ajax stile lightbox per intenderci.