Certo:

codice:
<script type="text/javascript">
function setTheJS(url, id)
{
    var scrpt = document.createElement('script');
    scrpt.type="text/javascript";
    scrpt.src=url;
    document.getElementById(id).appendChild(scrpt);
}

window.onload = function(){
   setTheJS('http://url/to/js/file.js', 'idDivDoveInserire');
}
</script>
Infina questo nell'head della pagina dopo aver modificato

setTheJS('http://url/to/js/file.js', 'idDivDoveInserire');

con i tuoi dati.

Questo dovrebbe andare, se il file JS non fa uso degli eventi onload e ondomready della pagina, come, dalla tua spiegazione, sembra.