FireFox in strumenti-opzioni-applicazioni ti fa scegliere come gestire i tipi di file, prova a cambiare lì.
Anche usare un plugin tipo flashgot unito al software flashget ad esempio potrebbe far intervenire flashget nello scarico e quindi "sollevare" il browser dal compito di gestire lo scarico.
Cosa per altro da fare a prescindere dal tuo problema.