Vediamo se c'è qualcosa che non dovrebbe esserci...
Posta un log di HiJackThis, e prova una scansione con Malwarebytes e Panda Antirootkit (trovi tutto facilmente con Google).

Sarebbe anche interessante vedere cosa succede cambiando tastiera, o provando la tua su un altro pc. Potrebbe semplicemente esserci qualche contatto...
La "ò" e la "ç" riesci a scriverle?
Se apri un programma a finestra e lo metti in primo piano, digiti Alt-Gr + Stamp, e poi su Paint fai Incolla, ti incolla la finestra del programma o tutta la schermata? Vorrei capire se quei due tasti sono funzionanti...