Se usi Windows, puoi utilizzare l' API per il posizionamento del cursore ...

codice:
#include <windows.h>

void gotoxy(int col, int row)
{
	COORD coord;
	coord.X = col;
	coord.Y = row;
	SetConsoleCursorPosition(GetStdHandle( STD_OUTPUT_HANDLE ), coord);
  }

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[])
{
	int x, y;

	system("CLS");

	gotoxy(1, 2);
	printf("inserisci primo numero: ");
	scanf("%d", &x);
	
	gotoxy(30, 2);
	printf("inserisci secondo numero: ");
	scanf("%d", &y);

	return 0;
}