Può darsi che in VirtueMart non sia indicato correttamente il percorso del sito.

Joomla può essere trasportato senza problemi: se tu sposti tutte le cartelle su un altro server e lo chiami www.sito2.com anzichè www.sito1.com, funziona tutto.

In VirtueMart, invece, se cambi l'URL del sito devi modificare la configurazione in

/administrator/components/com_virtuemart/virtuemart.cfg.php

Controlla le righe

define( 'URL', 'http://nomedeltuosito/' );
define( 'SECUREURL', 'http://nomedeltuosito/' );

Devi includere ovviamente anche eventuali sottocartelle.

Spero di essere stato utile. Puoi provare anche a consultare il sito VMItalia (http://www.vmitalia.net).