Ciao,
sicuramente opterei per la seconda soluzione. Ci sono molti framework (Symphony, CodeIngniter, CakePHP, Kohana e molti altri) che sicuramente snelliscono di molto i tempi di sviluppo. Eviterei sicuramente di implementarlo da zero, perché sicuramente impiegheresti un bel po' di tempo per avere un prodotto che puoi tranquillamente scaricare dalla rete (soprattuto open source)...se proprio volessi farlo da zero, sicuramente dovresti integrarci un template engine (eg Smarty), altrimenti dovresti implementarti anche questo ... Sicuramente non è facilissimo implementare secondo il pattern MVC: bisogna tener conto di tante cose che riguardano la OOP. Chi è sempre stato abituato a sviluppare codice "procedurale" può andare incontro a tante "complicanze teoriche" che rallenterebbero ulteriormente lo sviluppo...questo non vuol dire che per usare i framework di cui ti accennavo non si debbano avere nozioni di OOP, ma sicuramente queste potrebbero essere molte di meno o comunque molto più superficiali...questo è il mio consiglio, anche perché personalmente ritengo che MVC sia solo la punta di un iceberg che è la OOP, la quale ha un approccio completamente diverso dal paradigma procedurale. Iniziare di botto "cercando di applicare" MVC ad un'applicazione sia un po' come avventurarsi in un labirinto molto contorto...

Questo è il mio consiglio: scegli un framework - BEN DOCUMENTATO - ed inizia a studiarlo, anche realizzando piccole applicazioni atte a comprenderne bene il funzionamento e qualche rudimento di OOP...

Buon lavoro