Non è che devi disattivare il firewall interno, ma aprire le porte usate da emule nel firewall del router (cioè creare una regola) e poi reindirizzare tale regola all'indirizzo IP del tuo pc.
Potrebbe essere che dopo la formattazione il pc abbia acquisito un indirizzo ip diverso dal precedente e quindi le regole vecchie non vadano più bene.