A meno che tu non lo voglia far semplicemente scaricare e poi guardare nel computer con calma (allora metterei un avi), personalmente mi trovo benissimo col .mov
Altro formato da prendere in considerazione è il flv ma ancora non ho provato.
Infatti se QTPro mi permette di esportare al volo il .mov con le relative personalizzazioni di compressione non saprei che progr consigliarti per fare gli Flv.
Non starei a spendere tutti quei soldi per il Flash se devo usarlo 2 o 3 volte...