E che problema ti dà scusa? Anche i link relativi verranno passati a mod_rewrite.

Ad es. se: http://www.sito.it/news/news5.htm

viene passato via mod_rewrite a http://www.sito.it/processnews.php?id=5

E nella pagina hai un link relativo a "news7.htm", il link apparirà all'utente come: http://www.sito.it/news/news7.htm e verrà passato via mod_rewrite a http://www.sito.it/processnews.php?id=7