A parte il fatto che ormai quasi tutti i pc girano con risoluzione 1024x768 o maggiore,
è ovvio che ridimensionando si sgrana un po tutto...

O che lasci il filmato in 1024x768 e basta, o che ne fai 2 (leggi dopo), o che trovi una risoluzione intermedia in modo che si veda bene in qualsiasi modo.

La seconda soluzione è di fare 2 filmati diversi, uno in 1024x768 e uno in 800x600, poi nella pagina html inserisci uno script in javascript che ti restituisce la risoluzione dello schermo e in base a quale è ti mostra un filmato piuttosto che l'altro.
Non mi ricordo qual'è il codice da inserire nella pagina però non dovrebbe essere difficile...

Spero di essermi spiegato bene...
e comunque ti conviene aspettare un po che arriveranno soluzioni migliori..