Grazie! Mi ero limitato a copiare un pezzo di codice senza nemmeno cercare di capirlo... farò piu attenzione la prossima volta. Semplicemente nel primo while era impostata la virgola al posto del punto e virgola come separatore,cioè era cosi:


Codice PHP:
while (($data = fgetcsv($handle, 1000, ",")) !== FALSE) { 
Invece mi serviva cosi:
Codice PHP:
while (($data = fgetcsv($handle, 1000, ";")) !== FALSE) { 
Adesso il risultato è quello giusto.