No, non ho altri setcookie.. dal punto di vista dei passaggi il cookie sembra perdere il valore proprio tra l'ultima azione della prima pagina di controllo e la prima della seconda, che richiamo così:

header("Refresh: 0;URL=sottodir/index.php");

Potrebbe essere causato dal cambio di directory della pagina? Ma in quel caso, invece di un cookie vuoto non dovrei non vederlo nemmeno definito?