se nell'fopen utilizzi, oltre al tag r, anche il tag t se ne occupa lui da solo.

In ogni caso, non è importante che il file venga letto su linux, infatti non vi è alterazione del file durante la lettura! Scoppierebbe tutto se solo perché un file viene spostato da un sistema ad un altro vengono modificati gli eol (end of line).

Inoltre puoi utilizzare la costatne PHP_EOL che in automatico è impostata da php in base al sistema operativo

Se usi sia il flag t nell'fopen sia PHP_EOL dovresti essere apposto

www.php.net/fopen