Mi par di ricordare che un BufferedWriter non scrive immediatamente sul file, ma aspetta finchè non cominciano a girargli. Quando arriva al punto critico scrive.

Per verificare se questa insinuazione corrisponde a realtà potresti anche scrivere:


codice:
           while((rigaN = brTN.readLine()) != null){
                System.out.println ("Riga letta dal brTN: "+rigaN); 
     
                if (rigaN.equals(rigaV)) {
                    check = true;
                }
           }
Ultima cosa: ma perchè fai il controllo leggendo dal secondo file? Non sarebbe meglio memorizzare il contenuto del file in un vettore e poi scriverlo tutto in un colpo?

Ultimissima cosa: I System.out.println sono una tecnica di debug obsoleta, se vuoi, ma funziona sempre per capire cosa fa il codice.

edit

ok. è ufficiale. Per questa volta non occorre che ti stampi le righe lette.