Ora mi è più chiaro quello che vuoi fare... ma mi è anche chiaro che forse non hai capito che ti ho già risposto.
Provo a spiegarti alcuni semplici meccanismi di PHP.

Con una form (una sezione HTML tipo quella dove scrivi i messaggi che pubblichi in questo forum) puoi inserire dati in un DB.
Se invece estrapoli dati da DB, li visualizzerai con altri metodi, anche solo con semplici liste di link.
Fin qui sono stato chiaro???

Da quello che ho capito, te invece in PHP vuoi creare una lista dei file presenti in una specifica cartella.
Qui nasce un primo dilemma.
Cosa ci fai con un DB? Potresti usare le funzioni PHP che leggono il contenuto di una cartella e manipolarle a tuo piacimento.
Premettendo che te comunque voglia usare un DB con la form (o altra procedura automatica) devi andarlo a popolare con i vari dati.
Qui nasce il tuo primo problema.
È inutile che tu crei una colonna del DB che chiami collegamento, perché a creare il collegamento ci penserà PHP e non MySQL.

Facciamo un esempio.
Ammettiamo che hai un file di WORD nella cartella "PROVA" e che questa cartella sia nella directory C:.
Una volta che tu sai il percorso, il nome del file e l'estensione il link lo ricostruisci e lo mandi in echo con PHP.

Metti che nel DB hai una colonna chiamata "percorso_assoluto", una chiamata "nome_file" ed una chiamata "estensione", il tuo script sarebbe come segue:
Codice PHP:
// salto la parte della connessione al DB
$sql = "SELECT percorso_assoluto, nome_file, estensione FROM tabella";
$query = mysql_query($sql);
$fetch = mysql_fetch_array($query);
$path = $fetch['percorso_assoluto'];
$nome = $fetch['nome_file'];
$ext = $fetch['estensione'];

$link = "$path/$nome.{$ext}";
echo "
<a href=\\"$link\\" target=\\"_blank\\">Link</a>
";
// il link sara C:/prova/file_di_word.doc 
Ora hai capito cosa intendo???
Però ti lancio un nuovo cross: come riempi il DB con i dati dei vari file nelle varie cartelle???