Non so se lo script lo hai fatto tu oppure è già collaudato. Nel primo caso dovrai fare ulteriori test ma che al max, con gli aggiustamenti dovuti alla fine funzionerà. Nel secondo caso dovrebbe funzionare.
Comunque hai fatto bene a spostare su linux perché php + windows non è il massimo della vita, funziona, ma non è il massimo

PS. Puoi comunque provare a testarlo richiamando il tuo host linux digitando lnx.tuosito.it (o lin.tuosito.it) mentre per richiamare windows sarà sufficiente richiamare win.tuosito.it.

Prima funzionava cosi adesso non so ma prova.