Allora, innanzitutto ti ringrazio per la risposta e per lo spunto che mi hai dato per risolvere il problema. In realtà non dovevo togliere il <param name="wmode" value="transparent"> ma dovevo togliere il wmode="transparent" dall'embed src. Così funziona sia su Firefox che su IE7.

Allora ricapitolando, per chiunque ha avuto o avrà il mio stesso problema:

nel file lightbox.js bisogna commentare (//) showFlash (riga 636) e hideFlash (riga 396);
e nei parametri del filmato flash che richiama il lightbox bisogna mettere solo il <param name="wmode" value="transparent">.

Grazie Crescenzo