beh dipende da ome li fai sono 2 teconologie differenti.

Nate per due scopi diversi certe cose sono indifferenti se fatte in js o flash altre no.

Dipende da te cosa vuoi usare.

www.viptime.it

qui fai entra e noterai che ci sono sia animazioni js che animazioni flash.
completamente integrate nelle pagine.

Dipende cosa ti e' piu' comodo.
Anche la mac usa js per le alcune animazioni di presentazione dei suoi prodotti.