Ce ne sono diverse, ma nel tuo caso, parlando di 3 ante, ci sono solo piega a fisarmonica o a libro.
La prima prevede una piega alternata dentro-fuori, creando letteralmente un effetto fisarmonica, nell'altra invece le due pieghe vengono fatte tutte verso l'interno, cioè la terza anta viene ripiegata in dentro, in modo che la prima e la seconda fungano da esterno del depliant.
Sono stato in un qual modo comprensibile?

Per il tuo problema, crea direttamente in Indesign un documento di 2 pagine non affiancate delle dimensioni del tuo depliant aperto, dando margine al vivo di 3-5mm (meglio se ti accordi con il litografo per questo) e un margine interno non inferiore ai 5mm.
Solitamente operando in questo modo io permetto al mio stampatore di tagliare un mm in più per fare venire bene la piega della terza anta (ma, ripeto, è perchè noi ormai ci conosciamo e abbiamo adottato delle nostre convenzioni).
Per il segni di taglio lasciali fare a Indesign, è il suo mestiere.