non capisco cosa ci sia di strano o per cui ci sia da dimostrare alcunché: lato server ho accesso al file system. Genero l'html come mi pae e piace e, in particolare, genero le istruzioni JavaScript che servono a processare un singolo file...

Non ho script pronti, perché ho mai avuto l'esigenza; ma ecco come farei per generare degi script "al volo", supponendo di avere una fantomatica funzioneJSInventata che legge uno specifico xml sul server, (esempio buttato giù in un minuto e che deve essere debuggato):

codice:
<?php
$qualeCartellaSulServer = "./xml";

$dh = opendir($qualeCartellaSulServer);

while (($file = readdir($dh)) !== false) {
        echo "funzioneJSInventata(\"$file\">)\n";
}

closedir($dh);
?>
AGGIUNTA: mi son reso conto che la richiesta è caricare una cartella DA CLIENT a server. E' Così? In tal caso non si può usare JS; avevo capito che la cartella stava sul server e necessitava di scrivere tante funzioni JS quanto sono i singoli file... scusate se ho risposto pere per mele...