Ho capito il motivo:questione di attributi dei file.
L'istruzione copyfile() copia i file esattamente come sono,quindi anche se sono in sola lettura o nascosti.
Ho aggiunto 4 righe al codice per modificare l'attributo dei file copiati in modo che possano essere sovrascritti.

Rimetto il codice completo se a qualcuno puo' interessare

codice:
Set fso = CreateObject("scripting.FileSystemObject")
set vm = fso.Getfolder("\\server\test")
For Each subdir in vm.SubFolders
set vm = fso.Getfolder("\\server\test\" & subdir.name)
	For Each file in vm.files
	fso.CopyFile "\\server\test\" & subdir.name & "\" & file.name, "d:\test\" & subdir.name & "\" & file.name,TRUE
	set vmf = fso.getfile("d:\test\" & subdir.name & "\" & file.name)
	   if vmf.Attributes AND 1 then
	   vmf.Attributes = vmf.Attributes - 1
	   end if 
	next
next
wscript.echo "Fine Copia"