Dato che non si capisce bene quello che vuoi fare sono andato un po' a spanne, ma provalo...

codice:
<script type="text/javascript">
    
    var input = document.getElementById('esercente').getElementsByTagName('input');
    <?php
    $query = mysql_query("select * from esercenti where es_0 = '$esercente'");
    $i = 0;
    while($row = mysql_fetch_row($query))
    {
        $str = '';
        foreach($row as $value){
          $str .= $value.";";
    ?>
     
        input[<?=$i?>].value = '<?php echo $value; ?>';
    <?    
        }
        $i++;  
    }
    ?>
    </script>