per me quello che hai fatto è sbagliato perchè crei 2 cicli uno in php e uno in js tutto incluso....
c'è una ridondanza ineffetti i valori php delle righe vengono sempre aumentati ma alla fine nell'array js salvi solo l'ultima riga di php

dovresti fare così:

Codice PHP:
<script type="text/javascript">    
    var input = document.getElementById('esercente').getElementsByTagName('input');
    <?php
    $query 
mysql_query("select * from esercenti where es_0 = '$esercente'");
    
$conta=0;
    while(
$row mysql_fetch_row($query))
    {   
        echo 
"input[".$conta."].value = '".$row[0]."';";
        
$conta+=1;
    }
    
?>  
    </script>
ps. ho fatto in fretta una cosa del genere