Ti do un consiglio: quando ti piace un sito, esplorane il codice per cercare di carpirne qualche segreto.
Non so se lo hai fatto, ma RAI.IT è completamente basato sui DIV e sull'impaginazione da CSS.
I menù sono tutti testuali, cioè basati su liste non numerate ed effetti sui testi.
Il tuo sito invece ha il menù in flash, per cui se un utente (vabé sono pochi, ma qualcuno ci sarà) non ha il player flash installato, oppure ha una versione vecchia, oppure blocca (Firefox ha un plugin del genere) l'esecuzione di script potenzialmente dannosi, non potrà mai navigarlo.

Detta questa mia personalissima osservazione, sei te che devi fare una scelta: layout fluido (che si adatti a tutte le risoluzioni dei monitor) oppure no???
Io di solito tendo a scegliere la prima soluzione per tutta una serie di motivi. Primo tra tutti: ora che i PC hanno spesso monitor con risoluzioni elevate e spesso schermi panoramici, se il layout rimanesse stabile a 800X600, chi ha una risoluzione tipo 1920x1028 vedrebbe una strisciolina di sito al centro di un monitor gigantesco.
La questione del banner la puoi facilmente arginare disponendo un box laterale al banner flash: il box che contiene il banner di dimensioni fisse, quello vicino di dimensioni proporzionali, che si adatterà alla larghezza massima dello schermo quindi.
Questa è solo un'idea naturalmente.... puoi anche pensare di fare qualcosa di ancora migliore.
Un DIV "testata" che si adatta alle dimensioni dello schermo, una immagine di sfondo ancorata dove preferisci (se lato destro, sinistro, o centrale) e tak: il gioco è fatto.
Se nell'header vuoi animazioni, puoi tranquillamente crearne una su fondo trasparente (in flash) e posizionarla in maniera assoluta sopra l'immagine di sfondo (da CSS).
Peraltro, le animazioni in flash io le doserei con moooooolta cura: tutta quell'animazione che si vede nel tuo sito ogni volta che si cambia pagina, secondo te è davvero necessaria??
Tieni conto che il menù è in flash ed inglobato in quel filmato, per cui un utente dovrebbe attendere X secondi prima di potere navigare il contenuto.

Insomma, di trucchi ce ne sono tanti e ti garantisco che prima di arrivare a creare layout simili a quello del sito della RAI, dovrai esercitarti parecchio!
E dovrai anche studiare un po' di regole di base anche per quello che riguarda la tipografia: non credo siano molto efficaci tutti quei testi di dimensioni e colori diversi, con e senza sfondo, ogni riga una font diversa, ecc.
Anche la scelta dei colori di base da usare nel sito andrebbe fatta in maniera oculata: nessuno discute il gusto personale, ma dal momento che pubblichi qualcosa, il livello grafico dovrà per forza di cose essere digerito da tutti, non solo da te!
Fatti un giretto su google e cerca "accessibilità e usabilità di siti web", sono convinto che troverai diverse informaizoni utili.
Studiati poi l'XHTML ed i CSS, ne gioverai parecchio!