Originariamente inviato da albezz
allora, per la prima volta intendo la prima volta che l'utente visita il sito.
Se è questo quello che vuoi ottenere, NON hai capito a cosa serve require_once() ne come funziona il PHP (è un linguaggio lato server).

Originariamente inviato da albezz
ie ricarica tutto il sito al click di un qualsiasi bottone sui 2 menù (laterale e di testa)
Comportamento atteso e corretto.

Originariamente inviato da albezz
firefox e opera si comportano correttamente (almeno a livello visivo)
La risposta te la sei data da solo "almeno a livello visivo".

Originariamente inviato da albezz
perchè al click dei bottoni i menù non vengono ricaricati (quindi non spariscono e riappaiono)
Ti sbagli, al "click dei bottoni", esattamente come succede in IE, tutta la pagina viene ricaricata.

Originariamente inviato da albezz
in altre parole vorrei che il mio sito si comportasse come se avesse al suo interno i vecchi frame html
Non ti basta il PHP per fare questo, nemmeno su Firefox od Opera.

Devi usare una tecnologia lato client come Ajax.