Per includere del codice da compilare a seconda del sistema operativo per cui stai compilando puoi usare gli #ifdef:
codice:
#ifdef _WIN32
    //Codice Windows
#else
#ifdef _LINUX
    //Codice Linux
#else
    //Codice per altri sistemi operativi; in questo caso visualizza un errore di compilazione
    #error "Sistema operativo non supportato"
#endif
#endif