sembra un guasto. puoi provare a risolvere disabilitando
le porte integrate sulla scheda madre e installare
una scheda pci con porte usb aggiuntive.
Per essere sicuro, puoi provare un live cd come ubuntu
o fare un ripristino di configurazione di sistema.
Se anche in questi due modi le porte usb non
funzionano, direi che sono definitivamente fuori uso.
luca