a me quel codice funziona senza problemi in ie almeno in locale (filesystem) su IE6
solo per scrupolo mi sono solo assicurato di dare ai vari popup un nome che non inizia con un numero (e privo di spazi)

codice:
    for (var i = 0; i < 5; i++) {
        id = ["idfinestra", i].join('');
        window.open('pagina.html', id);
    }