Non puoi fare in modo che l'output del file chiamato con AJAX sia solo l'interno della table (senza il tag <table> insomma)

Poi metti un id alla tabella

<table id="MyTable">

poi nella funzione legata all'evento onreadystatechange fai:

codice:
if (xmlhttp.readyState==4)
  {// 4 = "loaded"
  if (xmlhttp.status==200)
    {// 200 = OK
       document.getElementById('MyTable').innerHTML =  xmlhttp.responseText;
    }
  else
    {
    alert("Problem retrieving XML data");
    }
  }