In effetti visualizzando con <pre></pre> gli spazi ci sono, allora il problema è un altro ma non riesco a capire quale...
Codice PHP:
$contenuto = file("$filetesto"); 
$rig = count($contenuto);  
for ($cf=0; $cf<$rig; $cf++) { 
$testo = substr($contenuto[$cf], 0, 6); ..... 
$testo prima mi dava PROVA1 adesso mi da ROVA1, è come se si fosse aggiunto uno spazio davanti ad ogni riga, cosa può essere?

se provo a fare: echo "<pre>$contenuto[$cf]</pre>
le righe sono esatte, iniziano con "PROVA"


PS: Mi sono accorto adesso che aprendo il file con l'editor VI di Linux all'inizio e alla fine di ogni riga ora c'è questo simbolo che ieri non c'era: ^M