Non uso mai la direttiva RailsBaseURI.
Normalmete definisco un vhost per ogni rails app.

Ho un contenitore di rails app in /var/www/apps e ciascuna app all'iuntermo.

<VirtualHost *:80>
ServerName app1
DocumentRoot /var/www/app1
</VirtualHost>

<VirtualHost *:80>
ServerName app2
DocumentRoot /var/www/app2
</VirtualHost>